SQL Cambiar collate

Cambiar la opción por defecto de crear nuevas tablas:

ALTER DATABASE `tu_base_de_datos` CHARACTER SET utf8mb4 COLLATE utf8mb4_general_ci;

Ejecutar las sentencias generadas para cambiar todas las tablas una base de datos:

SELECT CONCAT('ALTER TABLE `', TABLE_SCHEMA, '`.`', TABLE_NAME, '` CONVERT TO CHARACTER SET utf8mb4 COLLATE utf8mb4_general_ci;') AS script
FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES
WHERE TABLE_SCHEMA = 'tu_base_de_datos'
  AND TABLE_TYPE = 'BASE TABLE';

Ojo con los errores de claves foráneas:

-- 1. Desactivar la verificación de llaves foráneas
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
 
-- [AQUÍ EJECUTAS TODO TU SCRIPT DE ALTER TABLES]
 
-- 2. Volver a activar la verificación
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;

Opción para algunas tablas solo:

SELECT CONCAT('ALTER TABLE `', TABLE_SCHEMA, '`.`', TABLE_NAME, '` CONVERT TO CHARACTER SET utf8mb4 COLLATE utf8mb4_general_ci;') AS script
FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES
WHERE TABLE_SCHEMA = 'tu_base_de_datos'
  AND TABLE_NAME IN ('tabla_A', 'tabla_B', 'tabla_C')
  AND TABLE_TYPE = 'BASE TABLE';